L'avvio della Fatturazione elettronica ha comportato modifiche nei processi di tipo amministrativo-contabile, informatico e organizzativo, coinvolgendo a diversi livelli sia gli uffici dell'Amministrazione centrale che i Dipartimenti.

Con Fatturazione elettronica si identifica il processo digitale che genera e gestisce le fatture nel corso dell’intero ciclo di vita che le caratterizza, dalla generazione, all'emissione/ricezione, fino alla conservazione, a norma, per 10 anni. E' un sistema che coinvolge diversi attori: il fornitore o il suo intermediario, il Sistema di Interscambio nazionale (SdI) e la Pubblica Amministrazione destinataria della fattura.

Il Decreto Ministeriale n. 55 del 3 aprile 2013 ha introdotto l’obbligo della fatturazione elettronica nei rapporti economici con la Pubblica Amministrazione in attuazione di quanto previsto dalla Legge 244/2007 art. 1 da comma 209 a comma 214.

Dal 31 marzo 2015, le fatture emesse verso la Pubblica Amministrazione sono tutte esclusivamente fatture elettroniche: si tratta di fatture in formato elettronico, strutturate secondo un linguaggio standard (definito dalla PA stessa: l’XML “Tracciato FatturaPA”), firmate digitalmente da chi le emette e obbligatoriamente da conservare a fini fiscali solo in digitale.